Je nachdem, welche Art von Fondue Sie zubereiten, passen verschiedene Weine dazu. Die zum Fondue gereichten Beilagen spielen ebenfalls bei der Auswahl eine Rolle. So besteht Käsefondue üblicherweise aus geschmolzenem Hartkäse, trockenem Weißwein, Knoblauch und Pfeffer. Je nach Rezept sind die verwendeten Käsesorten meist Greyerzer, Emmentaler, Vacherin, Comté oder Raclettekäse. Manchmal wird ein Schuss Kirschwasser hinzugefügt. Sehr gut harmonieren kräftige Weißweine zum herzhaft-würzigen Aroma von Käsefondue.
Fleischfondue, bei dem die Rindfleisch-, Schweinefleisch- und Geflügelstücke in heißem Öl oder Brühe gegart werden, wird in der Regel von einer Vielzahl unterschiedlichster Soßen und Dips begleitet. Daher eignen sich für diese Art von Fondue solche Weine, die sehr anpassungsfähig sind. Fruchtig, frische Weißweine sind zum Beispiel gut geeignet genauso wie facettenreiche, trockene Rotweine. Zu sehr scharfen Soßen sollten Sie allerdings eher leichte Weine reichen, denn scharfe Aromen können die Wahrnehmung von Alkohol verstärken.
Die asiatische Variante des Fleischfondues, auch als Feuertopf bekannt, wird mit heißer Brühe zubereitet. Da das Fleisch darin keine Röstaromen bildet, schmeckt es milder als bei Fleischfondue mit heißem Fett. Bei der Wahl des Weins sollten Sie dennoch auf die Vielschichtigkeit der asiatischen Zutaten und Beilagen Rücksicht nehmen und einen kräftigen Weißen servieren oder einen Rotwein, der ebenfalls über ein breites aromatisches Spektrum verfügt.
Darüber hinaus gibt es noch das Fischfondue, bei der Fischstücke und Meeresfrüchte in Fischfond gegart werden. Dazu passen vor allem fruchtige und frische Weißweine. Werden gehaltvolle Dips wie Aioli dazu gereicht, schmeckt auch ein kräftiger Weißwein gut zu Fondue mit Fisch und Meeresfrüchten.